Penduduk Indonesia terdiri dari berbagai suku, agama, dan kepercayaan. Dalam realitanya, kedudukan umat Islam sebagai penduduk mayoritas tetap menimbulkan kekhawatirkan golongan lain (minoritas) karena masih dianggap dapat membahayakan, dari pemikiran itulah pemerintah sangat berkepentingan dan perahtian besar terhadap pembinaan kehidupan keagamaan.
Dalam hubungannya dengan perlindungan, penghormatan, dan pemenuhan hak asasi manusia, Pasal 28I ayat (5) Undang-Undang Dasar 1945 menyebutkan, bahwa untuk menegakkan hak asasi manusia sesuai dengan prinsip negara hukum yang demokratis, maka pelaksanaan hak asasi manusia dijamin, diatur, dan dituangkan dalam peraturan perundang-undangan. Pada kenyataannya saat ini belum terdapat undang-undang yang mengatur perihal ini, sebagaimana dimaksudkan dalam Pasal 28J ayat (2) Undang-Undang Dasar 1945, oleh karena pembatasan hak asasi manusia harus ditetapkan dengan undang-undang.
Adapun permasalahannya adalah bagaimana kebijakan pemerintah provinsi, termasuk kabupaten/kota terpilih di provinsi tersebut yang dihubungkan dengan kebijakan pada tingkat nasional, dalam pemenuhan hak kelompok minoritas agama, yakni dalam hal mendirikan rumah ibadat dan menjalankan ibadatnya, berikut dengan kendala-kendalanya.
Lokasi yang dipilih dalam penelitian ini aalah Provinsi Kalimantan Selatan dan Provinsi Maluku. Sifat penelitian ini adalah yuridis-sosiologis, yaitu meneliti aspek-aspek yuridis dalam hubungannya dengan kebijakan pemerintah dan implementasinya di masyarakat. Sumber data yang digunakan dalam penelitian ini terdiri dari data sekuder dan data primer yang dianalisis dengan menggunakan analisis kualitatif dan pengambilan kesimpulan dilakukan melalui generalisasi induktif. Waktu pelaksanaannya bulan April sampai dengan Nopember 2007.
Pendirian rumah ibadah di Provinsi Maluku dibangun berdasarkan kebutuhan umat. Dengan kata lain, pendirian rumah ibadat tidak mengacu pada Peraturan Bersama Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri Nomor 8 dan 9 Tahun 2006 tentang Pedoman Pelaksanaan Tugas Kepala Daerah/ Wakil Kepala Daerah Dalam Pemeliharaan Kerukunan Umat Beragama, Pemberdayaan Forum Kerukunan Umat Beragama dan Pendirian Rumah Ibadat (lihat Pasal 13 dan Pasal 14). Di Provinsi Kalimantan Selatan pendirian tempat ibadat bagi agama minoritas sangat sulit, karena pemeluk agam mayoritas (Islam) tidak mengijinkan agama minoritas mendirikan rumah ibadat. Alasannya, kelompok mayoritas yang Bergama Islam hidup berkelompok, sedangkan minoritas tidak berkelompok, sehingga masyarakat (mayoritas) mempunyai peran yang sangat penting.
Kebijakan dalam mendirikan rumah ibadat dan menjalankan ibadat yang dikeluarkan oleh pemerintah Provinsi Maluku dan kabupaten dapat dalam bentuk lisan maupun tertulis, antara lain, berupa surat yang dikeluarkan Pemerintah Provinsi Nomor 450/1317 tentang Pelaksanaan Ibadah Bersama Bagi Pegawai Negeri Sipil di Lingkuo Pemerintah Provinsi Maluku tertanggal 4 Juni 2007. Selain itu, ada pula berupa surat-surat yang dikeluarkan oleh Pemerintah Propinsi dalam rangka penyelenggaraan hari-hari Bersama agama.
Di Provinsi Kalimantan Selatan (Banjarmasin) tidak ada kebijakan yang dikeluarkan, karena masing-masing kabupaten mempunyai kebijakan sendiri-sendiri. Sebagai contoh, di Kabupaten Banjar Martapura terdapat Perda Jum’at Khusus yang mengatur bahwa setiap Jum’at pukul 11.00 sampai dengan 02.00 WIT tidak ada kegiatan lain kecuali untuk sholat Jum’at yang dibuat tahun 2004. Perda ini diterima dengan baik karena mayoritas agama di sini adalah Islam, tetapi tidak dipaksakan untuk dilaksanakan bagi agama lainnya. Kendala yang terjadi di kedua provinsi ini adalah pada tingkat tertentu, kebijakan Pemerintah Pusat seringkali membuat umat beragama kurang harmonis.
Dengan demikian, dari kedua lokasi penelitian ini ada perbedaan dan persamaan. Perbedaan ini disebabkan oleh nilai budaya yang melekat pada masyarakat. Masyarakat Maluku dikenal adanya Budaya pela-gandong, sedangkan di masyarakat Kalimantan Selatan tidak ada, tetapi kehidupan beragamanya relatif harmonis. Persamaannya, kedua provinsi ini telah membentuk wadah kerukunan umat beragama Forum Kerukunan Umat Beragama walaupun belum menyeluruh.
Pada tingkat provinsi, di Provinsi Maluku terdapat kebijakan tentang hak mendirikan rumah ibadat dan menjalankan ibadatnya sedangkan Provinsi Kalimantan Selatan tidak memiliki kebijakan. Pada tingkat kabupaten, Pemerintah Kabupaten Banjar Martapura (di Provinsi Kalimantan Selatan) dan Kabupaten Masohi (di Provinsi Maluku) memiliki kebijakan tentang hak mendirikan rumah ibadat dan menjalankan ibadatnya. Direkomendasikan agar Peraturan Bersama tersebut direvisi sehingga dapat memenuhi rasa keadilan dan kepastian hukum bagi warganegara, terutama kelompok pemeluk agama yang secara kuantitas lebih sedikit (kelompok minoritas agama).